Если, удерживая Alt, выбрать пункт "Объединить видимые" в меню Слои (или в меню панели слоев), все видимы слои будут объединены на новый слой. Сами исходные слои не будут изменены.

Тот же результат можно получить, нажав на клавиатуре Ctrl+Alt+Shift+E.